Os alimentos transgênicos possuem detém essa classificação por ter ingredientes ou serem totalmente – no caso do milho, legumes e verduras em geral – resultado de modificações genéticas. Essas modificações genéticas geralmente são implantes de traços de DNA de outro indivíduo – até mesmo de outra espécie – no DNA do ser em questão.
O resultado disso podem ser variados. Desde o aumento nutricional dos alimentos, sua resistência a pragas e doenças nas plantações, sua produtividade maior e o maior tempo de estocagem sem comprometer o alimento. Pode acontecer de o alimento render mais ou ser mais eficaz na fabricação de um produto específico como o milho em alguns salgadinhos por exemplo.
Tendo em vista todos esses lados positivos da utilização da prática transgênica, há também alguns pontos negativos que devem ser levados em consideração. As manipulações genéticas possuem patentes vinculadas a cientistas ou a empresas. Todo fazendeiro que se interessar em modificar geneticamente seu plantio para algum fim, terá que pagar uma taxa para utilização da patente da manipulação.
Os alimentos transgênicos geralmente despertam mais alergias nos consumidores. A inserção de traços de DNA de outras espécies desencadeia uma séria de diferenças entre o produto original e o transgênico, como a produção de outros aminoácidos por exemplo. Esses aminoácidos diferentes e almentam as condições alérgicas dos produtos.
Como são mais fortes, as plantas transgênicas podem acabar substituindo as plantas originais por seleção natural. Isso seria algo bom se as plantas transgênicas não afetassem tanto o meio ambiente. O desiquilíbrio que a resistência a pragas causa acaba afetando todo o processo natural das espécies. Não se sabe ao certo até que ponto isso pode chegar.